МУ-София е член наблюдател на Европейската асоциация на университетите (EUA), организация която обединява 850 университета от 49 европейски държави. EUA играе решаваща роля в Болонския процес и в оказването на влияние върху политиките на ЕС относно висшето образование, научните изследвания и иновациите. Чрез непрекъснато взаимодействие с редица други европейски и международни организации, EUA гарантира, че независимият глас на европейските университети се чува.
Медицински университет – София е член на Университетската Агенция на Франкофонията (AUF) от 1994 година до сега. Това е международна асоциация, която развива дейност изключително в областта на висшето образование и научните изследвания, наброява 1007 члена (университети, висши училища, институти, научно-изследователски центрове), разпръснати по всички континенти, в 119 държави, 55 от които страни членки на Международната Организация на Франкофонията (OIF). Като такава тя представлява уникална мрежа от партньорства, имат за цел изграждането и консолидацията на франкофонско научно пространство, чрез подпомагане на институционалните проекти на университетите членове, на научното сътрудничество, на изследователската дейност и публикациите.
Голям брой преподаватели и изследователи от МУ-София имат принос в научни прояви, изнасяли са лекции в университети членове на AUF или на франкофонски конференции. Досега наши студенти са осъществявали най-често франкофонска мобилност с докторантска стипендия и за професионален стаж.
На 26 януари 2024 г. Съветът на Европейската асоциация на университетите (EUA) одобри кандидатурите на няколко нови членове, сред които и Медицински университет – София.
Представители на екипа на МИПФ взеха активно участие в проведената годишна работна среща на мрежата ECTS MA „Foundation of ECTS Medicine Association“( сдружение на Медицинските
